引用本文格式: 王皆恒,李校. 一种预测判断蛋白质与DNA相互作用位点的新方法 [J]. 四川大学学报: 自然科学版, 2020, 57: 1009~1014.
 
一种预测判断蛋白质与DNA相互作用位点的新方法
A new method to predict Protein-DNA binding sites
摘要点击 185  全文点击 33  投稿时间:2020-02-26  修订日期:2020-04-25
查看全文  查看/发表评论  下载PDF阅读器
DOI编号   
中文关键词   蛋白质-DNA相互作用位点预测  支持向量机  序列匹配算法
英文关键词   Predict "Protein-DNA binding sites"  SVM-based predictor  Sequence-based predictor
基金项目   国家自然科学基金(61001149)
作者单位E-mail
王皆恒 四川大学生命科学学院 四川省分子生物与生物技术重点实验室 wwjjhh@vip.qq.com 
李校 四川大学生命科学学院 四川省分子生物与生物技术重点实验室 lix@scu.edu.cn 
Author NameAffiliationE-mail
WANG Jie-Heng Sichuan Key Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology, College of Life Sciences, Sichuan University wwjjhh@vip.qq.com 
LI Xiao Sichuan Key Laboratory of Molecular Biology and Biotechnology, College of Life Sciences, Sichuan University lix@scu.edu.cn 
中文摘要
    蛋白质-DNA相互作用位点在各类生理生化反应中扮演重要角色.本论文旨在构建一种可以准确预测“相互作用位点”的方法:PdDNA,其内容主要包括支持向量机和序列匹配器.支持向量机通过提取相互作用位点中心残基的特征进行训练并分类,序列匹配器则通过蛋白质特征矩阵(PSSM)对氨基酸序列进行相关性评估,对二者结果进行归一化整合,得到最终的预测结果.利用公开数据集PDNA_62,我们的PdDNA预测准确率为86.87%.为进一步验证PdDNA可靠性,我们还自建了PDNA_224数据集,其预测准确率为83.07%,处于较高水平.因此PdDNA是一种有效的“蛋白质-DNA相互作用位点”预测方法.
英文摘要
    Protein-DNA binding sites play an important role in various physiological and biochemical reactions. In this paper, we establish a special method and algorithm based on Bioinformatics to forecast Protein-DNA binding sites, we call it PdDNA. According to our method we have 2 mainly algorithm: SVM-based predictor and sequence-based predictor. SVM-based predictor is trained and classified by extracting features of central residues at binding sites, and sequence-based predictor scores amino acid sequences for correlation by Position-Specific Scoring Matrix(PSSM). Normalization and integration of the two results to obtain the final forecast. According to our algorithm, it predicts DNA-binding sites with 86.87% accuracy when tested on PDNA_62 dataset. Otherwise, we established PDNA_224 data set, and PdDNA also has 83.07% accuracy at a high level. Therefore, PdDNA is an effective method for predicting "Protein-DNA binding sites ".

您是第 3784406 位访问者

版权所有 @ 2007《四川大学学报 (自然科学版)》编辑部
地址: 四川省成都市武侯区四川大学望江校区文科楼330至342室  邮编: 610064
电话: (028)85410393  传真: (028)85410393  E-mail: scdx@scu.edu.cn
本系统由北京勤云科技发展有限公司设计